Lovely Complex narra una particolare storia d’amore tra un ragazzo ed una ragazza residenti ad Osaka, che nasce e si sviluppa all’interno dell’ambiente scolastico. Risa è molto alta (172 cm) rispetto alla media delle ragazze giapponesi; Atsushi è invece abbastanza basso (156,2 cm), anche se ciò non gl’impedisce di far parte della squadra del club di pallacanestro.
Questa notevole differenza d’altezza li rende un po’ complessati: e tanto per aumentar la già precaria situazione psicologica fin dal primo giorno di scuola uno degli insegnanti (evidentemente in vena d’ironia) ha cominciato a chiamarli, loro malgrado, “All Hanshin Kyojin”. E’ questo il nome d’un duo comico molto popolare in Giappone, celebri per esser uno molto basso e l’alto molto alto. Ciò ha causato un conflitto immediato tra loro, ma rimarrà questo per tutti il soprannome della coppia lungo l’intero corso corso della vicenda. Si troveranno oltretutto ad esser vicini di banco fin dal primo anno di liceo.
Ad aggravar ancor più le cose il caratterino focoso e nient’affatto conciliante d’entrambi; frequentissime divengono le dispute incessanti che sorgono tra i due anche per futilissimi motivi quotidiani: instaurano subito un rapporto, per così dire, molto dialettico e che manterranno fino alla fine.me. Atsushi, essendo più basso di statura, ha dovuto alzarsi in punta dei piedi per poter giunger a toccar le labbra della sua amata.
Superando varie difficoltà, quali presunti tradimenti, gelosie, la disapprovazione del nonno di Risa, ma soprattutto la scelta di due diversi futuri, si arriva all’ultimo giorno di scuola superiore, in cui Otani ribadisce ancora quanto bene vuole a Risa.